学术委员会是联合实验室的学术指导机构，学术委员会主要职责是对联合实验室的研究方向、发展目标和任务、技术路线等做出评价并提出改进意见，参与审议重大活动，对研究中心总体发展提供指导性建议和监督。学术委员会成员由作物分子生物学相关领域的著名专家、学者组成，每届任期 5 年。
联合实验室学术委员会（按姓氏笔画排列）
主 任：
沈其荣 中国工程院院士，南京农业大学教授
副主任：
李召虎 华中农业大学校长、教授
曹卫星 南京农业大学教授
Richard Mulwa 埃格顿大学副校长、中国-肯尼亚作物分子生物学“一带一路”联合实验室主任、副教授
委 员：
王秀娥 中国-肯尼亚作物分子生物学“一带一路”联合实验室主任，南京农业大学教授
宁国贵 华中农业大学教授
刘高琼 埃格顿大学教授
朱 晶 南京农业大学教授
陈劲枫 南京农业大学教授
金危危 天津农学院常务副校长，中国农业大学教授
周艳虹 浙江大学农业与生物技术学院教授
倪中福 中国农业大学教授
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